含牙囊肿的根本原因是牙齿因为各种原因不能正常萌出到口腔，牙在颌骨内长期存在，很容易出现含牙囊肿。因为此类牙本身有牙囊，会刺激周围的细胞产生过多的液体，最终形成囊性肿物。成人最多见于磨牙后区，也就是智齿导致的含牙囊肿。很多智齿都是因为萌出没有位置，或者萌出方向不正确，无法出现在口腔内。一般在中年或中老年，才会发现，而且经常是双侧发病。儿童的混合牙列期，即替牙期的儿童，也经常会发生含牙囊肿。含牙囊肿经常出现于颌骨内的恒牙胚，也是由于恒牙胚因为不明原因而分泌过多的液体。在治疗方面，成人和儿童的含牙囊肿治疗不一样，成人多采用刮治或者开窗治疗。而儿童混合牙列期的含牙囊肿，一般采用开窗治疗的方法，可以保护儿童的恒牙胚。