小腹一直隐隐作痛的原因如下：1、直肠病变：如直肠癌、直肠炎；2、其他盆腔病变：男性要考虑前列腺炎症、精囊腺炎症、前列腺癌症、膀胱炎症、膀胱肿瘤。女性要考虑宫颈、子宫病变，如宫颈癌、子宫肌瘤、子宫内膜癌、卵巢和输卵管的炎症、囊肿、卵巢癌等；3、小肠病变：如小肠肿瘤、小肠炎症，常见有克罗恩病、肠结核、小肠间质瘤、小肠腺癌等；4、植物神经功能紊乱：植物神经功能紊乱会引起肠功能紊乱，出现疼痛症状。