全身骨关节疼痛的原因，主要包括风湿病、钙缺乏以及代谢性疾病。具体如下：1、风湿病：如风湿性关节炎，会让全身骨关节产生疼痛，甚至使全身骨关节肿胀，关节周围的肌肉也会产生疼痛症状；2、钙缺乏：缺钙导致的骨质疏松，尤其是重度骨质疏松，会表现为全身骨关节疼痛、乏力；3、代谢性疾病：如糖尿病或痛风，糖尿病并发周围神经炎或痛风引发的痛风结石在全身多处关节沉积，也会造成全身关节疼痛。