怀孕40天可以药物流产，因为怀孕40天如果月经周期规律，B超已经可以看到宫内妊娠，可以服用药物流产。孕妇应在医生指导下服用米非司酮和米索前列醇，需避免阴道出血量多于月经量，若出现此情况，可请医生及时帮助处理。药物流产的前提条件为宫内妊娠，如果怀孕40天宫内看不到明确妊娠囊，宫外也看不到孕囊，需待宫内明确妊娠囊甚至看到卵黄囊才可进行药物流产。注意流产后避免感染与出血，如果出现感染应及时进行治疗。流产1个月内不要进行性生活、盆浴，以避免上行感染的可能。流产后的出血时间超过半个月需及时就诊，以防长期慢性出血，增加贫血与感染的风险。