引起小拇趾疼痛的常见原因如下：1、劳累：劳累后可引起关节、滑膜的水肿，甚至出现腱鞘炎。大拇趾为行走过程中受力点较集中的部位，如果频繁、长时间、长距离的活动，可导致大拇趾周围结构水肿，出现局部按压疼痛；2、拇外翻：在人群中发病率较高，大拇趾向小指方向偏斜，和第一脚掌成夹角，夹角突起较明显，穿鞋子受力时因磨损会出现拇囊炎，引起大拇趾疼痛；3、代谢性疾病：如痛风患者摄入高嘌呤食物且含量较高，此时因代谢较少引起嘌呤在体内过多积聚，出现高尿酸血症，最常于大拇趾局部出现代谢沉积，引起痛风性拇趾疼痛、红肿和局部疼痛，严重时出现痛风石沉积；4、其他：如糖尿病足末梢循环不良，甲沟炎引起局部感染，拇趾长囊肿或肿瘤也可出现疼痛，需逐个分析并对症处理。