导致肛门疼的原因很多，常见的原因包括痔疮的急性发作、肛裂、肛门周围的感染、肛瘘或者其他疾病，如下所示：1、痔疮的急性发作：最常见的就是嵌顿痔，痔疮突出以后还纳不回到肛门里就会导致痔疮充血、水肿、血液回流障碍，就表现为强烈的疼痛。这时在肛门口往往会出现充血、肿胀的团块，患者不敢坐在椅子上，往往可能用半个屁股坐在椅子上；2、肛裂：肛裂是在肛门口出现溃疡，这个溃疡主要是存在于肛门有松紧的这个地方，这种疼痛和排便有关，典型的肛裂就是排便时肛门疼，便后缓解1-2分钟，紧接着会出现1次更加强烈的疼痛。再次疼痛持续时间有长有短，有的1-2分钟，有的可能是持续一整天，但无论如何就是肛裂的疼痛和排便有一定的关系，排便是一个诱发因素；3、肛门周围的感染：比如肛旁脓肿，肛旁脓肿引起疼痛也非常强烈，这种疼痛持续性存在，不会缓解，除非应用镇痛药物，在没有用药的情况下疼痛不会缓解。再者这种疼痛会从初级的轻微疼痛逐渐加重，多数肛旁脓肿在肛门旁边连带肛门一起会出现一个肿胀的包块，按之有触痛。患者也不敢坐卧，走路时往往会以一种避免引起疼痛、避免引起肛门摩擦的限制性走路方式；4、肛瘘：有时可能会引起疼痛，但肛瘘在静息状态下可能没有不舒服。但在急性状态下，可能肛瘘里有急性炎症的发作时肛门往往会有胀痛的感觉。当外瘘口破溃、脓液流出来以后，这种疼痛又得到缓解，但这种情况会反复发作；5、其他疾病：如果一些常见的肛门疾病都没有发现，而患者会出现反复的肛门周围或者会阴周围的疼痛，需要进行全面的体检来评估肛门周围以及会阴、泌尿系统、妇科系统。