口腔溃疡长在牙龈根部需根据具体病情选择合适的治疗，具体治疗如下：1、复发性口腔溃疡：一般复发性口腔溃疡可能长在牙龈根部，该位置也属于移行沟，由于该处黏膜没有较厚的角化层，所以较易受到刺激。牙龈上口腔溃疡发作较少见，常见的是发生于颊黏膜。对于该处溃疡，可涂抹药物治疗，如曲安奈德口腔膏，特别适合涂在牙龈沟部，因为药物容易保持。而上牙的移行沟可能不易上药，可选用漱口水进行治疗；2、牙齿损害并引起窦道：部分患者将牙齿损坏引起的窦道当作溃疡，其实不是溃疡。由于牙上部压力大，脓液从牙槽骨钻眼流出，这种情况应及时治疗牙齿。牙龈根部是窦道的好发部位，窦道一般疼痛不明显，而溃疡会引发疼痛，可前往医院就诊明确病因。