阴茎流黄水，小便的时候疼，是尿路感染比较常见的一些症状，可能提示有尿路感染，尤其像男性的尿道炎、淋病、非淋，都可能会出现这种症状，需要去医院找医生进行检查。如果流黄脓比较多，除了做尿常规检查以外，还要做分泌物涂片，看有没有致病细菌，尤其排除是不是淋病。通过尿常规检查、分泌物涂片，基本上可以判断感染的类型。如果明确是尿道炎或泌尿系感染，要以抗生素治疗为主，如头孢类的头孢地尼、头孢拉定等，喹诺酮类的氧氟沙星、环丙沙星等，大环内酯类的红霉素、阿奇霉素，还有像美满霉素、多西环素、磷霉素等，都可以用来治疗泌尿系感染。同时要注意多喝水，多排尿，不要喝酒。服药疗程一般是1-2周，当临床症状消失，尿常规检查白细胞转阴，认为已经治愈。如果分泌物涂片发现是淋病，也可以先肌肉注射或者静脉注射，像罗氏芬(注射用头孢曲松钠)、菌必治(头孢曲松钠)等抗生素，2-3次可能就能够很好地控制流脓现象，再口服抗生素。总之出现阴茎流黄水，小便的时候疼的情况，需要去医院做检查，根据检查的结果来选择合适的治疗方案。