全身麻醉后患者会失去意识，神志消失，全身痛觉会消失，反射也会被抑制，并且会产生骨骼肌松弛的作用。这时外科医生在大脑的功能区域进行某些操作时，患者不能够配合完成某些神经测试或者指令性动作，从而有损伤相应功能区域的可能性。当然，对于有特殊要求的手术类型，麻醉医生也可以做到术中唤醒麻醉，也就是在手术过程当中的某个阶段，要求患者在清醒状态下配合完成某些神经测试和指令性的动作，以尽可能减少神经相应损伤。此外，全身麻醉也有相应的风险和并发症，比如反流误吸所导致的呼吸道梗阻和吸入性肺炎，支气管痉挛所导致的通气不足或者缺氧；术中病情变化也可能会发生心脑血管意外等。