早上起来眼睛酸流眼泪的原因如下：1、炎症：早上起来眼睛酸、流眼泪，首先要考虑眼睛是否有结膜炎，如果是结膜炎，甚至是角膜炎，早上起来睁眼的时候，由于冷空气的刺激，眼睛就会感觉较酸，同时伴有眼睛充血、酸涩，有一定的分泌物，还有流眼泪的现象。此时需要针对炎症进行处理，如使用抗生素滴眼液、角膜保护剂；2、干眼症：还有一种情况为干眼症。晚上眼睛泪膜比较少，在干眼症的状态下，泪膜少，角膜没有得到充分的滋润，第二天早上起来受到冷空气的刺激，角膜神经会反射性传导到眼睛分泌眼泪滋润眼睛，从而出现流眼泪的现象。如果是干眼症，需要医院去测试干眼症的级别，然后相应使用滋润眼睛、补充泪液的药物，如人工泪液，和保护角膜组织的药物。