造成双肾区疼痛的原因较多，包括以下几种：1、尿路梗阻性疾病：包括常见的良性前列腺增生，又称为前列腺肥大，当前列腺大到一定程度时，可引起尿路梗阻，可能导致双侧肾脏积水，如果积水程度较重，可能发生双侧腰部或肾区疼痛。此外，双侧泌尿系统结石等也可能造成双肾区疼痛；2、畸形性疾病：如肾盂输尿管连接部狭窄，常出现双侧肾积水，但可能表现为一侧重，一侧轻，但无论肾积水轻亦或是重，患者可出现双侧肾区疼痛；3、基因疾病：一般较少见，包括基因相关的肿瘤性病变，如VHL综合征、结节性硬化，易发生双肾肿瘤或错构瘤，导致双侧肾区疼痛。