临床上胎儿停止发育大部分是胚胎自身因素导致，临床上导致胚胎停育的原因有以下几种：1、胚胎自身因素：比如胚胎合并有染色体数目的异常、染色体结构异常，或基因片段发生突变导致的异常。在遗传物质异常基础上的胎儿，通常在早孕期间就会在发育过程中发生胚胎停育现象；2、孕妇合并内科疾病：比如合并贫血、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减低，或者严重的肝肾疾病等。在孕妇合并内科疾病的情况下，胚胎容易导致流产以及胎儿停止发育；3、孕妇接触有毒物质：孕妇接触有毒的药物、毒物或者放射线等，会使早期胎儿停止发育。综上所述，胚胎停止发育的原因主要是胎儿的自身因素，还有孕妇的身体状况，以及是否接触外界的毒物综合导致。