支原体和衣原体感染本质上是两种不同病原体的感染，支原体和衣原体是两种完全不同的微生物，介于细菌和病毒之间，细菌可能表现形式更高级、病毒更低级。两者感染时，具体症状表现有区别，具体如下：1、感染部位：支原体可能对泌尿生殖系、肺等部位的感染亲和力更高，而衣原体对泌尿生殖系或者眼球、脸部等感染风险更高，所以感染的部位、感染的对象不一样；2、症状：支原体和衣原体感染时局部的痒、痛的程度不完全一样。