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目前尚无文献报道磁共振可对人体产生明显危害或伤残，只是在检查的过程中，可能会使人体感到轻微不适。
患者的不适主要来自于两方面，第一是磁共振的检查舱较长，空间比较狭窄，其大而圆的通道可使患者感觉心理恐慌。第二是检查过程中，磁共振仪器会发出刺耳的噪音，使患者感到不舒服，甚至难受。此外，磁共振还具有一定热效应，可产生部分热能，亦可使人体产生不适。
若患者体内存在内置物如血管支架、心脏起搏器等进行检查，则会造成较大的危害，甚至会有生命危险。进行磁共振检查前，医生应对患者进行检查注意事项的充分告知。
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