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子宫腺肌症的病因,对于医学界来说,目前并没有一个定论。可能的发病机制,包括有内膜的损伤、内膜细胞的侵入,以及在位细胞的异生,还有上皮间质转化,其他的一些可能的机制。虽然现在没有一个确定的发病机制,但是一般认为子宫腺肌病,是由多基因、多病因形成的多机制导致的一个疾病。
临床上往往看到流产或者多次生产,亦或有多次清宫时的女性,会出现子宫腺肌症,这提示内膜的损伤,基底层的破坏,导致内膜细胞逆行扩散到子宫肌层,并进行增殖,可能是导致子宫腺肌症的一个病因。另外,通过基因追踪的一些手段,可以看到在子宫腺肌病病灶中的内膜细胞,和在宫腔内的内膜细胞有高度同源性,这也从一个方面意味着,可能会通过某些所不知道的途径,从内膜迁移到肌层,从而导致疾病。