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甲状腺结节的检查，绝大部分都在甲状腺外科进行。因为甲状腺结节是甲状腺疾病中最常见的类型之一，在很多医院有专门的甲状腺外科，所以到甲状腺外科就诊检查就可以。有些地方医院，或者社区医院，或者是一些城镇医院，它们没有专门的甲状腺外科，就可以到相应的普通外科就诊，因为甲状腺属于普通外科一个常见疾病。在一些大型或综合医院，有专门的甲状腺外科，甚至是甲乳外科，像这样的就可以到专门的科室进行就诊检查。
当然还有特殊情况，像一些甲亢病人也有甲状腺结节，或者是桥本性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎这样的疾病，像这些疾病也可以到内分泌科进行相应化验及检查。如果检查过程当中甲状腺结节出现问题，或者需要手术，甚至是外科干预，内科老师或内分泌科的老师可能也会提示，或是建议到相应的甲状腺外科进行检查。
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