肩关节骨质囊变不严重，肩关节骨质囊变是肱骨头内发生骨质缺损，由于表皮破损后，关节内的积液渗入骨头内形成囊变，囊变里是水，常见的原因如下：1、肱骨头坏死：常见于肱骨头坏死，因为肱骨头坏死以后，骨头被破坏，关节液渗进去，然后就形成囊变；2、肩袖损伤：由于肩袖支点撕脱，导致骨质暴露出现小裂隙，然后水会进入骨头内形成囊变，所以可以知道囊变是一种良性病变，囊变中间是水；3、肩峰下撞击征：由于骨质受破坏，出现小裂隙，关节液渗入骨头内形成囊变。因此肩关节骨质囊变，常见于肱骨头坏死、肩峰下撞击征、肩袖损伤，通常都是良性病变，患者只需要注意观察即可，没有特别严重的问题。