子宫内膜异位症的治疗通常强调的是个体化的差异，对于程度特别轻微的患者，可定期随访，不做特殊的处理。如果有痛经的患者，可以使用一些前列腺素的抑制剂去缓解痛经疼痛。但是对于有生育要求的患者，一般不主张慢慢的等待，而是尽量及早建议去计划妊娠。剩余的绝大部分患者一般常见的处理方法分为药物治疗及手术治疗两种方式。第一种，药物治疗，药物治疗的原理一般即为了降低或者抑制体内周期性的激素升高，如使用一些口服的避孕药、人工合成的高效孕激素、促性腺激素释放激素等等一些。但是当药物治疗的效果不理想，局部的症状加重，比如卵巢巧克力囊肿增大或者长时间不孕的时候，则可以考虑手术治疗，一般首选的是微创手术腹腔镜。由于腹腔镜创伤小，恢复快，同时术中可以为该种疾病的分期进行生育指数的评分，这样对于有生育要求的女性，术后生育的指导有相当重要的价值。因为该种疾病手术只能够将肉眼所看到的病灶进行清除，但一些极其微小的病灶，无法完全清除，故而手术后易复发，多半是半年到一年后。因此，对于有计划生育要求的女性，建议术后尽量到正规的生殖专科进行指导生育的检查，以免错失术后的黄金怀孕时间。而对于那些范围极大的患者，在术前可以先考虑药物预处理，缩小病灶后方便手术。