南平市第二医院座落在建阳区黄花山路10号，1905年由美国人苏雅各创办的士吡哩教会医院，在100多年的历史传承中，二院人始终不忘悬壶济世的宗旨，用自己的勤劳和智慧为闽北人民的健康保驾护航，现已成为集医疗、科研、教学、预防、保健、康复、急救和技术指导为一体的非营利性（地市级）二级甲等综合医院。医院占地面积4.6万平方米，建筑面积6.2万平方米，绿化面积达50％以上，环境安静幽雅。医院核定床位700张，在岗人员851人，卫生专业技术人员777人，专业技术人员中高级职称115人，中级职称228人。

医院专业科室设置齐全，设有心血管内科、神经内科、呼吸血液科、肿瘤防治科、基础外科、肝胆乳腺外科、骨科、泌尿外科、妇科、产科、儿科、体检中心、超声影像科、赤岸门诊部、远程医疗会诊中心等40多个临床医技科室。通过近十几年的发展，在省市各医疗单位的大力支持下，整体技术水平基本达到三乙医院要求，目前正积极创建三级综合医院。

2020年12月与福建医科大学附属协和医院签署了战略合作框架协议，双方合作开展学科建设、人才培养、医院管理、科研教学、技术引进等活动，提高医疗技术水平，为武夷新区三甲综合性医院的建设储备专业人才，提升武夷新区医疗服务综合能力。

医院拥有先进的原装进口飞利浦256层螺旋CT【ICT】、1.5T核磁共振【MRI】，日本原装进口东芝数字减影血管造影机【DSA】、原装进口西门子数字胃肠机，以色列原装进口科医人超脉冲激光系统整形美容设备、原装进口气压弹道碎石系统，血液透析中心拥有40台进口血液透析设备，可容纳200余名血透患者治疗。中型高压氧舱【可同时容纳14-16人】等先进的医疗设备。有着三甲医院同步的信息化管理系统：HIS、LIS(检验系统)、PACS（影像系统）、电子病历、病案管理系统、合理用药管理系统、财务核算等软件，支持微信、支付宝等便捷移动支付充值方式，实现微信公众号预约就诊，建成超融合双活数据中心，网络安全通过三级等保评测。

医院鼓励医疗人员积极开展科研工作，共成功立项南平市科研项目24项，1项省青年科研项目，荣获南平市科学技术进步三等奖4项。2010年成为省第二批“全科医师临床培训基地”；2016年成为省西医类别助理全科医师培训基地；2013年成为福建医科大学教学医院；2014年成为泉州医学高等专科学校教学医院；2015年成为漳州卫生职业学院教学医院；2017年成为厦门医学院教学医院。

医院医疗技术力量雄厚，目前已开展腹腔镜下直肠癌根治术、腹腔镜下胃癌根治术、两镜联合下结肠多发腺瘤切除术、胸腔镜下肺叶修补术，半肝切除术、心内介入治疗、鼓室成型、喉癌根治等三级医院开展的手术项目20余项。心脏血管、肿瘤介入治疗，亚健康筛查，衣原体检查，不育检查，血液透析滤过，血液灌流，腹水浓缩回输，神经内科，心血管内科和血液、内分泌、泌尿、呼吸内科及糖尿病治疗，老年病专科治疗等一系列先进特色治疗项目均取得较好效果。

南平市第二医院始终坚守“团结、严谨、精湛、务实”的医院精神，为广大市民提供快捷、方便、热情、周到、放心的医疗服务。医院相继荣获全省卫生系统创先争优活动先进集体、福建省模范职工之家、2022年荣获福建省五一劳动奖状等荣誉称号，是第十四届省级文明单位。