莆田市儿童医院是莆田市唯一的一家儿童专科医院，是福建省儿童救护中心莆田市分中心，2013年12月与莆田市妇幼保健院、圣路加妇产医院共同成立为莆田市妇女儿童医疗保健管理中心。现开设有急诊科、小儿神经康复科、儿内一科、儿内二科、PICU、新生儿科/NICU、小儿外科、手术室、麻醉科、儿童眼科、儿童耳鼻喉科、儿童口腔科、皮肤科等临床科室，担负着全市儿童医疗、保健、急救、科研、教学等工作。