呼伦贝尔市蒙医医院是在原呼伦贝尔蒙医学校门诊部的基础上逐步发展建立的。2008年，内蒙古自治区卫生厅和市编办批准成立呼伦贝尔市蒙医医院，作为全市蒙医药临床、教学、科研中心，按二级甲等医院建设，投资5000万元，占地面积5776平方米，住院综合楼11359平方米，制剂室1975平方米。在市委、市政府的关心支持下，在上级卫生行政部门的帮助指导下，呼伦贝尔市蒙医医院得到了长足的发展，成为一所以蒙医药为主，集临床治疗、科研教学、预防保健、蒙药制剂、医养结合、健康旅游、国际交流、草药种植等为一体的三级乙等蒙医综合医院。

医院编制床位350张，职工308人，内设临床、医技、管理等科室46个，拥有国家重点建设专科1个，自治区领先学科1个，自治区重点蒙医特色专科专病4个，呼伦贝尔市重点蒙医特色专科9个。硕士生导师2人，自治区草原英才1人，自治区名蒙医2名，自治区老蒙医学术经验指导老师12人，呼伦贝尔市名蒙医5名，基层名蒙医1人。医院承担了各级科研项目共12项，其中国家级2项、自治区级4项、市级6项，多项科研成果获奖。蒙医药文化展厅已被列入市博物馆分支机构。

在国家和自治区一系列支持民族医药发展的政策惠泽下，同时挂呼伦贝尔市蒙医药国际交流合作中心和蒙中医人员规范化培训中心的牌子，承担着呼伦贝尔地区蒙医药文化传承、发展和国际交流的重任，是国家健康旅游会员单位、国家中医药健康旅游示范基地、国家第二批住院医师规范化培训基地、自治区蒙医住院医师规范化培训协同基地和首批助理全科医师蒙医培训基地、内蒙古医科大学教学医院、内蒙古民族大学蒙医学硕士研究生培养基地及校外实践教学基地，呼伦贝尔市医养结合示范医院，呼伦贝尔市蒙医学会挂靠单位。

医院秉承“传承、立本、诚信、创新”之精神，坚持“人才立院  科技兴院  质量荣院  特色强院”的发展战略，按照“开拓进取，求真务实，坚持特色，发挥优势”的办院宗旨，树立“奉献爱心，服务至上”的理念，走康复、养生、保健、治疗的特色发展之路，坚持用高品质的医疗质量，人性化的医疗服务，彰显温馨的人文关怀，打造让患者满意、百姓放心医院。

医院蒙药制剂室是呼伦贝尔地区规模最大、设备先进的蒙药制剂研发中心，已通过GPP认证，制剂品种达150余种，年产量1000公斤。这些制剂验方合理、疗效确切、安全可靠，深受广大患者的认可和信赖。

医院积极开展蒙医药健康服务，进一步做好蒙医药医疗养老及健康旅游工作发展，完善医养结合和健康旅游示范医院（单位）建设。积极做好呼伦贝尔药源普查工作，开展濒危野生药材繁育，加快道地药材研究及规范化种植，完成蒙草药科技种植示范基地建设。继续做好蒙医药研究所、“名蒙医工作室”和“名蒙医传承工作室”申报与建设工作。加强重点专病专科和学科建设，加强科研工作，积极开展科研、专利项目、科技成果、非物质遗产项目的申报工作。挖掘整理呼伦贝尔市蒙医药传统验方、疗法、适宜技术等。

为打造区域性蒙医龙头医院，组建蒙医医联体，进一步落实对基层卫生机构的帮扶工作，为基层百姓提供优质蒙医医疗服务，积极推进分级诊疗工作。