兰州大学校医院是一所集医疗、预防、保健、健康教育及社区卫生服务等工作为一体的高等学校医疗保健机构。医院设有综合科、医务科、保健科、护理部、药械科、财务科、后勤科等行政科室和内科、外科、五官科、皮肤科、口腔科、传染科、医技科等业务科室；配有急诊室、抢救室、治疗室、观察室、换药室、消毒供应室等。具有PLD9200 X射线透视摄影一体机、DR拍片机、彩色多普勒超声诊断仪、数字式十二导心电图机、 罗氏Cobas C501全自动生化分析仪、全自动五分类血球分析仪、口腔综合治疗仪等先进设备。

2018年6月，为全面提升校医院工作水平，学校决定由第二医院托管校医院，组建了中共兰州大学校医院总支部委员会，为学校直属正处级单位。7月完成了职能科室设置。9月4日学校举行了“托管协议”签字仪式。现有职工72人（包括第二医院选派行政干部9人、财务处委派会计1人）。其中主任医师5人、副主任医师8人、副主任护师2人、副主任放射医师1人、副主任检验师1人、副主任中药师1人、中（初）级医护人员36人，其他人员18人。有效地保障着全校师生、离退休职工、家属和辖区居民群众的常见病、多发病诊治，健康教育和预防保健等各项医疗任务。