上海市质子重离子医院是一所集医疗、科研、教学于一身，以国际尖端肿瘤放射治疗技术-质子重离子放射治疗技术为主要治疗手段的现代化、国际化肿瘤中心，也是国内首家同时拥有质子和重离子放射治疗技术的医疗机构。医院由上海申康医院发展中心建设，通过与复旦大学附属肿瘤医院高度融合、资源共享开展实际临床运营，为广大患者提供优质的肿瘤诊疗和早期肿瘤筛查服务。

上海市质子重离子医院于上世纪90年代开始筹备，2003年项目正式启动。在中央领导关心和国家有关部委支持下，上海“十年磨一剑”成功建成国内第一家质子重离子医院。2014年，医院顺利开展35例临床患者试验。2015年5月8日，医院正式开业。2017年9月，医院通过国际医疗机构评审联合委员会认证，成为全球范围内第一家通过JCI认证的质子重离子中心。2020年1月，医院挂牌成为复旦大学附属质子重离子医院。医院地处上海市浦东新区张江科学城，总占地面积150亩，核定床位220张，门诊诊室24间。医院引进的质子重离子系统设备可以引出质子和重离子两种射线，并且配备了国际先进的笔形扫描技术、呼吸门控技术和滑轨CT设备等。

开业七年来，医院不断优化诊疗流程、提升诊疗效率，截至2022年9月27日，累计治疗出院患者突破5000例。其中，2021年，医院统筹推进疫情防控和日常医疗工作，年度治疗患者量首次破千例大关，达到1021例，再创开业以来新高并居全球同类质子重离子放疗机构之首。医院以患者需求为导向，突出重离子技术优势，围绕鼻咽癌、颅内颅底肿瘤、早期肺癌、肝癌、前列腺癌、乳腺癌等6个重点病种开展临床治疗，并对胰腺癌开展重点临床研究，上述重点病种治疗患者数占治疗总数的近四分之三。

医院重离子治疗复发鼻咽癌、肺小结节肺癌等实现了国际放疗领域“零的突破”，自主创新形成的66项粒子诊疗“中国方案”，打破了发达国家“话语权”的垄断。医院开业以来，完成了从粒子技术应用的学习者、追赶者，到跻身国际粒子治疗先进行列，并在重离子技术临床应用创新领域渐成领跑者。