卵巢囊肿是否会自动消失要根据卵巢囊肿的性质决定，卵巢囊肿的分类以及预后具体如下：1、功能性卵巢囊肿：如果为功能性卵巢囊肿，比如炎性或排卵后造成黄体囊肿以及血体，可以自动消失；2、器质性卵巢囊肿：如卵巢肿瘤、畸胎瘤或卵巢的子宫内膜异位囊肿、巧克力囊肿，甚至是卵巢恶性肿瘤，不会自动消失。如发现囊肿应及时检查，判断良恶性，如为良性，＞5cm的卵巢肿瘤建议手术治疗，如为恶性需手术并且明确诊断，通过静脉抽血检查肿瘤标志物，同时要做进一步的影像学检查，如核磁、CT等。