孩子发烧且头疼常见以下几方面原因：1、上呼吸道感染：常见于病毒感染，孩子可能伴发热、打喷嚏、流鼻涕、鼻塞、咳嗽等临床症状。由于病毒释放的毒素，可能导致部分孩子出现头疼、全身肌肉酸疼等症状。此时应积极进行抗病毒治疗，同时给予对症感冒治疗后，由于体温逐渐下降，头疼症状将逐渐缓解；2、中枢神经系统感染：部分孩子可能伴化脓性脑膜炎、病毒性脑炎、结核性脑膜炎，表现为发烧、头疼、恶心、呕吐、嗜睡等症状，严重情况下可能出现昏睡、昏迷、抽搐发作。此时应及时前往医院就诊，进行血常规、头部CT、核磁共振、脑电图等检查，同时进行腰椎穿刺术明确脑炎性质，从而进行针对性治疗。随脑炎症状控制后，发烧、头疼的症状将随之缓解。