肛瘘手术的并发症即肛门失禁，但肛门失禁很少发生，一般会有轻度的肛门功能损伤，有时因手术切口较大可形成锁眼畸形，造成肛门闭合不全，可引起稀便或肠液外溢，叫不完全性失禁，真正引起完全性失禁的手术现在很少见。 引起完全性失禁主要因高位肛瘘或脓肿，侵及肛提肌以上，手术时因医生经验不足或因疾病本身造成肛提肌完全损伤，肛门功能括约肌能力下降引起肛门失禁。现在此情况一般较少见。 对肛门失禁此问题，患者无需过多担心，一般专业肛肠科医生会特别注重肛门功能保护，不完全性失禁一般轻微。