两侧太阳穴出现疼痛有以下一些原因：1、首先要排除或明确是否存在颅内的一些病变导致的这种症状，建议行头颅核磁共振检查、头颅血管核磁共振检查，来明确是否有脑出血、脑梗塞以及肿瘤、血管瘤破裂等一些临床颅内的器质性病变。如果存在，建议到神经外科会诊检查；2、另外两侧太阳穴疼痛会是由于长期过度疲劳、精神紧张，甚至是出现神经衰弱、植物神经功能紊乱导致的睡眠不足，出现双侧太阳穴疼痛；3、过度饮酒后也会出现这种症状；4、目前临床产生这种症状的一个常见原因就是颈椎间盘突出症，颈源性头痛。颈源性头痛的一个症状就是双侧太阳穴疼痛，可以进行颈椎的相关检查，主要是排除延髓及椎体的器质性病变，之后进行颈椎的相关治疗。