女性小便结束后尿道刺痛，主要原因可能有以下几个方面：1、泌尿系统感染：女性尿道偏短，容易发生泌尿系统感染，患者应做尿液常规检查，若白细胞和红细胞超标，或合并尿胆原升高，则提示发生泌尿系统感染，典型症状为尿频、尿急、尿痛；2、妇科疾病：偶发的妇科疾病，如阴道炎等，虽不是泌尿系统病变，患者亦会有不舒服的症状，有时也会反射到泌尿系统，表现为排尿刺痛等表现。