药物流产能流干净，大多数药物流产可以使胚胎完全排出，而极少数药物流产，胚胎会排出不全或排出困难，与机体的状态有关，也与药物的敏感性有关。通常在药物流产时前两天需要服用米非司酮，通过竞争孕激素的受体使胚胎凋亡，而在第三天需要服用米索前列醇。米索前列醇可以作用于子宫平滑肌使子宫收缩，将已经凋亡的胚胎排出体外，90%的药物流产患者胚胎可以完全排出，无需进行清宫。但是约10%的患者由于某种原因导致胚胎排出不全，即宫内残留或不能完全排胎，通常需要进行清宫手术来使胚胎流干净。