不自主摇头有很多种原因，具体分析如下：1、小舞蹈综合征：从病理上面来讲，如果小孩出现头部的不自主运动、不自主摇头，如果急性疾病，要考虑是不是小舞蹈症；2、肝豆状核变性：如果是慢性起病的头部的不自主运动，要高度怀疑是否为肝豆状核变性。肝豆状核变性是一种隐性遗传性疾病，除了会有头的不自主摇晃等椎体外系的反应之外，一般会合并肌力下降，或者是肝功能的异常；3、亨廷顿舞蹈病：如果成年起病，如20、30岁或者40、50岁成年人起病，高度怀疑的一种疾病叫做亨廷顿舞蹈病。亨廷顿舞蹈病也是一种遗传性疾病，除了头部的不自主摇动之外，有可能还合并有手的舞蹈样的动作、肌力下降；4、肌红细胞增多症：另外还有少见的如肌红细胞增多症等，也会出现头部的不自主摇动；5、肌性斜颈：另外还有一种称为肌张力障碍，即肌性斜颈，也会出现头的不自住的摇动。但是这种摇动是因为颈部的肌张力增高，颈部的不自主运动，来携带出现头部的向一侧的不停的摇的这种情况；6、药物作用：还有其他罕见的服用药物，如利血平、氟桂利嗪、胃复安(甲氧氯普胺)等，这些药物产生的不自主运动，也有可能表现出头部的不自主摇晃。上述都是一些具体有病理发病机制引起的头部不自主运动。