肛瘘手术后的疼痛时间，与肛瘘的手术方式、本身的复杂程度、伤口局部感染程度等密切相关。由于肛瘘是慢性炎症性疾病，单纯应用药物较难将肛瘘治愈，多数需进行手术切除。具体恢复时间如下：1、低位肛瘘：手术恢复时间大约需要10-14天。传统手术方式是挂线疗法，如果肛瘘相对简单且为低位肛瘘，手术时间较短，一般恢复时间明显小于高位肛瘘；2、高位肛瘘：如位于齿状线以上的肛瘘，其术后恢复时间会明显延长，有时甚至需3-4周，局部疼痛等瘘管症状才会逐渐好转。