电子结肠镜检查遵循的原则是循腔进镜，在检查的过程中随着患者年龄不同以及配合程度，或者整体的结肠长度不同，检查时间也有所不同。熟练的内窥镜操作医生，如果为常规的单人操作，基本5-10分钟左右就可以完成，遇到特别疑难或者结肠形态结构不好甚至于体胖、结肠长的病人，时间会相对延长。通过体位的改变，做结肠镜过程中大夫的手法，最长也不会超过20分钟的检查时间。在这期间，患者基本没有特殊痛苦性，充气量比较多时，可以通过排气减少患者肠道气体扩张的痛苦。