黑色牙结石的去除方法有以下两种：1、超声波洁牙：进行龈上洁治和龈下刮治；2、手动洁牙器：将黑色牙结石进行手工刮治去除。黑色牙结石的原因是口腔卫生情况差，不注意口腔卫生，并且有口腔不良习惯，不喜欢刷牙、漱口。另外还可能喜欢吃色素较重的食物，如吸烟，或者吃巧克力、咖啡、茶叶等，就会造成色素沉着，时间一长就会出现黑色牙结石。因此，患者要保持口腔清洁卫生，尽量少吃富含色素的食物和饮料，并注意饭后漱口，从而预防黑色牙结石形成。