男性肚脐正下方疼痛，可能有以下几个原因：1、肠功能紊乱：主要是小肠痉挛所致，阶段性疼痛可选择解痉药物或者调节胃肠道生态的益生菌治疗，比如得舒特、山莨菪碱等，具有一定缓解作用；2、膀胱病变：比如膀胱炎、膀胱憩室、膀胱肿瘤等，也会引起肚脐正下方疼痛；3、精囊腺和前列腺病变：比如精囊腺炎、前列腺炎、前列腺肿瘤；4、直肠病变：比如直肠炎、直肠肿瘤、直肠癌等，直肠刺激会产生牵涉痛，放射至肚脐正下方，类似于腹泻疼痛；5、其他疾病：比如疝气、腹膜后肿瘤、腹腔肿瘤等腹壁病变。