先天性巨结肠有并发症，虽然手术切除了大肠，根据术中的情况有可能切除的肠管比较长，或者全结肠的巨结肠术后容易出现大便次数排的比较多，出现肛周糜烂。如果手术切除范围比较大，术后有可能有肛门失禁的并发症，正常的手术有可能损伤肛门括约肌引起肛门失禁。手术年龄2个月以后做最好，早期做巨结肠根治手术容易导致并发症增多，术后出现小肠结肠炎。大部分先天性巨结肠做手术不影响正常生活，常见型的巨结肠占70%以上，手术后的恢复可以达到正常的生长需要，不存在并发症的出现。