甲状腺功能亢进症最严重的后果是甲状腺危象，也称为甲亢危象，通常是甲状腺毒症，病情较为严重，而且会出现一种危及生命的甲状腺功能亢进症并发症。此病发生率不是很高，也不是很常见，但病死率比较高，通常是在甲状腺功能亢进症的病情没有控制的情况下，在应激状态、感染状态，或者是不适当停用抗甲状腺药物的情况下出现。甲状腺危象的临床表现有体温增高、循环系统异常，患者会出现心动过速、心力衰竭、心脏扩大，另外还有神经系统异常，出现烦躁、谵妄。以及消化系统异常，出现腹泻，严重恶心、呕吐、不能进食等情况。此病由于是急危重症，需要行抢救治疗。除此之外，甲状腺功能亢进症比较严重的并发症还有甲状腺的心脏病，也就是甲状腺功能亢进性心脏病，主要表现为心脏扩大，出现扩张型心肌病、心力衰竭等，同样可以出现心律失常，也会给患者带来严重的后果。