肛门用止痛栓同样存在副作用，目前临床常用的有对乙酰氨基酚止痛栓和吲哚美辛止痛栓，其具体副作用如下：1、对乙酰氨基酚止痛栓：对乙酰氨基酚属于解热镇痛药，通常对消化道、肛门有一定刺激，同时可产生过敏、皮疹、瘙痒、出汗等副作用，另外对肝肾功能也有一定损伤；2、吲哚美辛止痛栓：吲哚美辛属于非甾体抗炎药，其止痛栓也体现出相应副作用，如对胃肠道、肛门局部产生刺激作用，引起疼痛、不适。另外还对肝肾功能有一定损伤，如造成转氨酶升高。