非典型鳞状细胞发生癌变的几率并不明确，只有少部分的非典型鳞状细胞可以发生癌变。临床常见的鳞状细胞癌变是指鳞状细胞癌，主要发生在有鳞状上皮覆盖的部位，如食道、子宫颈、皮肤、阴道、鼻咽部。另外，在肺和泌尿系统，虽然局部黏膜并没有鳞状细胞覆盖，但可以通过鳞状上皮化生而发生鳞状细胞癌，通常并不能确定非典型鳞状细胞发生癌变的几率有多少。但如果非典型鳞状细胞出现病变，如慢性炎症引起的病变，能够接受积极治疗，其癌变几率相对较低。因此，如果怀疑非典型鳞状细胞有异常增生存在，可以通过积极治疗来根除病变。