最常用的磁共振检查现在主要应用的是氢质子成像，氢质子在静磁场中，通过磁共振现象产生磁共振信号而形成图像，同样也可以应用其他的质子成像，像钠质子成像。由于人体氢质子的含量最多，而且成像的质量也比较好，因此最常规的是采用氢质子成像。磁共振扫描，常规的是多参数、多层面的扫描，可以清晰地显示人体组织的解剖结构。但是做磁共振检查有一些注意的事项，像具有心电起搏器的病人，或者危重的病人，不能够进行磁共振检查。磁共振检查对含氢质子比较少的部位，像肺部和骨皮质这样的部位显示得不够理想。