肝内胆管细胞癌的鉴别诊断包括：1、原发性的肝癌，部分患者的甲胎蛋白明显升高，通过增强CT或磁共振可发现动脉期明显强化，到肝实质期又变成低密度的病灶；2、转移性的肝癌，患者多有胃癌、结肠癌、乳腺癌等病史，病灶较多，通过增强CT或磁共振可看到牛眼征；3、肝脏的良性疾病，如肝血管瘤，通过增强CT、磁共振可鉴别；4、肝脓肿，即肝脏长有脓包，多伴有寒战、高烧，查血可出现白细胞增高，CT或磁共振可观察到肝脏内不规则的病灶，需进行诊断性穿刺。