2价、4价以及9价宫颈癌疫苗，常见副作用为注射局部不适，包括产生疼痛、硬结、瘙痒感等，同乙肝疫苗等普通疫苗的局部副反应相似。部分病人可出现低热，但一般不超过38℃。HPV疫苗在全世界范围内，使用已达10余年。2017年，WHO出台关于HPV疫苗的立场文件，专门谈及HPV疫苗的副作用，总体而言，HPV疫苗的副作用较少。网上提及的影响生育、促进肿瘤发生、促进免疫系统疾病发生等副作用，经过多年观察，均不存在。