胃间质瘤的手术方式主要由肿瘤大小及生长部位决定。手术需切除干净，尽量避免触动肿瘤，避免间质瘤破损后播散到腹腔，结合肿瘤大小和生长部位保留胃功能。肿瘤靠近贲门，切除完整可能影响贲门功能；幽门肿瘤比较巨大，很难在保留幽门情况下，完整切除肿瘤。因此，以上两个位置是间质瘤外科手术的挑战。相对而言，一些胃大弯侧间质瘤效果较好、手术难度较低。