若急性鼻窦炎伴有并发症或发展为慢性鼻窦炎，保守药物治疗及物理治疗无效，可考虑手术治疗。手术以改善鼻腔通气与引流、解决解剖结构异常为首要目的。目前多以功能性鼻窦外科手术为主流，通过微创手术解决病痛。在围手术期间，要控制患者血压血糖，戒烟戒酒。同时可服用部分口服药物以及鼻用激素，为手术创造良好条件。大部分慢性鼻窦炎患者经过围手术期正常处理，微创手术以及术后换药、内镜清洗、随访，治愈率可达90%。