腹腔镜手术是现在微创外科，特别是在普通外科肝胆外科比较常用的手术方式。同样对于先天性胆总管囊肿，也是可以采用腹腔镜来完成，无论是腹腔镜开腹手术，在腹腔内完成的手术步骤基本上是一致的，都是要做胆总管囊肿的完整切除以及胆管和空肠的重新吻合。腹腔镜和开腹手术的区别只是在于腹壁切口的大小、位置和数量的区别。腹腔镜先天性胆总管囊肿难点不在于囊肿是否容易切除，而是在于胆管、小肠重新吻合的难度。因为胆总管囊肿手术后比较容易出现的并发症包括胆肠吻合口狭窄、吻合口瘘以及囊肿切除不全，这种并发症在最开始开展腹腔镜手术的时候要特别的注意。