外耳道的疾病、外耳道肿物可以使用耳内镜手术，中耳的慢性化脓性中耳炎等病变局限于中鼓室内的疾病和耳硬化症等一些内耳的疾病都可以通过耳内镜手术来治疗。对于听神经瘤等侧颅底的疾病，有经验的医生也可以通过耳内镜手术来完成。耳内镜手术也可以用来治疗颞颌关节的病变，对于颈静脉球高位和骨质缺损导致的搏动性耳鸣，也适合耳内镜手术，并且创伤小，术后恢复快。