川崎病可损伤全身各个部位的血管，只要有血管的地方它都可以损害到，如大脑、肝脏、心脏、肾脏，但其最主要损害的部位是心脏的冠状动脉。川崎病最常见的后遗症就是动脉扩张或冠状动脉瘤，严重者会导致血管不可逆的扩张，从而造成大出血，这种情况只有及早开胸、堵塞血管才能有效止血，手术的风险性较高。但川崎病经过早期规范的治疗，一般不会留有后遗症。