轻度亚急性甲状腺炎无需药物治疗，一周可自愈。病情较重患者需要应用激素治疗，最长2-3个月可达到临床治愈，预后较好。桥本氏甲状腺炎最终可发展为甲减，需要依赖甲状腺素终身替代治疗，预后稍差。若自身免疫甲状腺炎发展为甲减仍不干预、不治疗，将出现各系统功能障碍，表现为血脂升高、心率减慢、血压偏低、食欲不振、水肿、贫血、骨代谢异常等。