新生儿甲低的发病率，包括散发性和地方性。地方性甲低因地方缺碘引起，目前普遍排查或运用加碘盐后已减少。散发性甲低较常见，全国平均发病率为1/4000-1/5000，占新生儿甲的低70%-85%率。深圳方面资料显示2005-2007年，通过对190230例新生儿追查，发现确诊病例是97例，发病率接近0.05%。对于临床上的疑似病例，建议按医嘱预防、治疗及复查，错过治疗时机会可引起矮小症、呆小症，影响智力、身高等，且都不可逆。