尿道上裂的症状主要表现为尿道开口在阴茎背侧，根据尿道上裂程度不同，排尿位置可能在阴茎背侧，可能在近端，也可能在远端。患者严重时会伴有耻骨联合缺损，导致骨盆的前半部分缺失，从而导致膀胱上壁缺损，患者存在控尿困难。一些较轻患者可能能够自己控制排尿，但阴茎头是分裂开的状态，阴茎表现为扁平状态，其他还可能伴有阴茎的短小和阴茎弯曲等症状。