先天性心脏病患者，在咨询专业的医生后，可以考虑选择药物治疗。药物治疗主要包括改善心脏功能的治疗，因为随着年龄的增长，疾病的发展，较多先天性心脏病患者的心脏功能降低，此时通常可选用强心性的药物，如地高辛，还可使用改善心脏功能的药物，如呋塞米利尿剂；部分患者合并心跳加快症状，此时可采用减慢心率的药物，如倍他洛克；还有部分患者因心脏结构畸形，较易形成血栓，所以需使用预防血栓的药物，如阿司匹林、华法林。